Complesso di inizio della trascrizione

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Introduzione

  • La trascrizione dei geni nucleari eucariotici richiede il coinvolgimento di 3 diverse RNA polimerasi (RNAP), chiamate RNA polimerasi I, II, e III. Queste polimerasi sono strutturalmente molto simili tra loro, ma funzionalmente sono del tutto distinte. Ognuna trascrive un insieme di geni diversi, senza alcuna sovrapposizione.
  • Gli archeobatteri possiedono una singola RNA polimerasi, che è strutturalmente simile a quelle eucariotiche.
  • I batteri hanno invece una RNAP molto diversa, costituita solo da 5 subunità (α2ββ'), di cui una, la σ, molto particolare come struttura e funzione.

Promotore batterico

Nei batteri la sequenza bersaglio per il legame della RNAP si chiama promotore.
Il promotore di E. coli è costituito da due segmenti, entrambi di 6 nucleotidi, descritti mediamente in questo modo (considerando che il primo nucleotide trascritto è il +1):

  • regione -35: 5'-TTGACA-3'
  • regione -10: 5'-TATAAT-3'

I promotori eucariotici sono più complessi

Vedi promotori eucariotici.

L'assemblaggio del complesso di inizio della trascrizione

Inizio della trascrizione in E. coli

In E. coli l'RNAP si lega direttamente al promotore, con una specificità dovuta alla subunità σ, senza la quale il legame è aspecifico e debole.

L'inizio della trascrizione con l'RNA polimerasi II

Negli eucarioti l'inizio della trascrizione coinvolge più proteine ed è quindi molto più complesso. Un modello tridimensionale è visibile qui.

La prima differenza rispetto ad E. coli è che le polimerasi eucariotiche non riconoscono direttamente le sequenze del promotore basale. Il contatto iniziale viene invece stabilito dal fattore generale di trascrizione (GTF) TFIID, che è un complesso costituito dalla proteina che lega la sequenza TATA (TBP) e almeno 12 fattori associati alla TBP (TAF).

Segue pezzo da tradurre:

Bibliography
1. T. A. Brown, Genomi 3, EdiSeS, Napoli, 2008
2. A core promoter element downstream of the TATA box that is recognized by TFIIB (GenesDev, © 2005)
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