Un codice per l'inizio della trascrizione nei genomi dei mammiferi

Martin C. Frith, Eivind Valen, Anders Krogh, Yoshihide Hayashizaki, Piero Carninci and Albin Sandelin

Sommario

La maggior parte dei promotori basali non ha un singolo TSS, ma un insieme di TSSs ravvicinati con differenti ratei di inizio. Di regola, i geni hanno più di uno di tali promotori.
Mostriamo che gli eventi di inizio sono raggruppati nei cromosomi a scale multiple – cluster dentro cluster – indicando processi regolativi multipli.
All'interno dei più piccoli di tali cluster, che possono essere interpretati come promotori basali, la sequenza locale di DNA predice il relativo utilizzo di inizio trascrizione di ciascun nucleotide con una rimarchevole accuratezza del 91%, implicando l'esistenza di un codice di DNA che determina la selezione del TSS.
Per contro, la forza dell'espressione totale di tali cluster è soltanto parzialmente determinata dalla locale sequenza di DNA.
Pertanto, il controllo generale della trascrizione può essere compreso come una combinazione di effetti a piccola e a larga scala; la selezione dei TSSs è largamente governata dalla sequenza locale di DNA, mentre l'attività trascrizionale di un locus è regolata a un livello differente; è influenzata da caratteristiche o eventi distali come gli enhancers e il rimodellamento della cromatina.