XCPE2 (X core promoter element 2)

XCPE2 (X core promoter element 2) è un elemento promotore basale, la cui scoperta è stata pubblicata nel 2009, che può dirigere la trascrizione specifica dal secondo TSS dell'mRNA del gene X del virus dell'epatite B (trascritto dalla RNA polimerasi II dell'ospite). Sequenze XCPE2 possono trovarsi anche in promotori umani e tipicamente sembrano specificare per uno dei siti di inizio all'interno di promotori privi di TATA box (promotori TATA-less) contenenti multipli TSSs.

Background

Più dell'80% dei geni strutturali dei mammiferi sono regolati da promotori privi di TATA box che spesso mostrano siti di inizio trascrizione (TSSs) multipli. Tuttavia, si sa poco sulle sequenze di DNA del promotore basale o sui meccanismi di inizio trascrizionale per questa classe di promotori.

Multiple studies have demonstrated the presence of enhancer-promoter specificity, i.e., different core promoters exhibit different and selective responses to enhancers, indicating that the combination of a specific promoter and enhancers determines the transcriptional regulation pattern for each gene [33]–[36]. The molecular basis of enhancer-promoter specificity is not completely clear, but one of the potential explanations may be that different core promoters utilize different sets of GTFs and cofactors [37] so that the regulatory signals can be differently transmitted, received, and interpreted. Therefore, determination of the complete set of factors that contribute to transcription of XCPE1- or XCPE2-driven promoters is a challenging task but appears critical to further our understanding of transcription mechanisms of a large number of TATA-less dispersed promoters.

Struttura e localizzazione

La sequenza consenso è A/C/G-C-C/T-C-G/A-T-T-G/A-C-C/A+1-C/T .
The core promoter containing XCPE2 is located in one of the CpG islands of the HBV genome in a similar way to observed TSSs in the human genome. Our search of promoter database shows that XCPE2 like sequences also appear to be present in human TATA-less promoters and typically drive one of the start sites present within multiple TSS-containing promoters.

Fattori di trascrizione richiesti

Our immunodepletion and add-back experiments suggest that transcription from XCPE1- and XCPE2-containing promoters requires at least TFIIB, TFIID (or free TBP), RNA pol II and the mediator complex present in the nuclear extracts but not Gcn5.

Meccanismo

I meccanismi del riconoscimento del promotore e l'inizio della trascrizione per i promotori regolati da XCPE2 sembrano differenti dai meccanismi mostrati in precedenza per i promotori classici che mostrano TSSs singoli "focalizzati".

Bibliography
1. Ramakrishnan Anish, Mohammad B. Hossain, Raymond H. Jacobson, and Shinako Takada. Characterization of Transcription from TATA-Less Promoters: Identification of a New Core Promoter Element XCPE2 and Analysis of Factor Requirements. PLoS ONE. 2009; 4(4): e5103 (PubMed)
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