Sequenza consenso

Per sequenza consenso si intende una sorta di sequenza 'media' (di aminoacidi o nucleotidi) risultante dal confronto di molte sequenze simili e funzionalmente equivalenti.

Alcune sequenze consenso identificate (notazione IUB/IUPAC per il "DNA degenere")

Moduli dei promotori

Nome Tipo Posizione Sequenza consenso Proteine di legame
TATA box (TATA-8) promotore core -25 TATAWAWR [2] TBP
TATA-532 promotore core HWHWWWWR1
XCPE1 (X core promoter el.1) [1] promotore core −8~+2 DSGYGGRASM
XCPE2 (X core promoter el.2) [1] promotore core −9~+2 VCYCRTTRCMY TFIIB, TFIID (or free TBP)
Elemento iniziatore (INR) promotore core +1 YYANWYY [2]
Elemento promotore a valle (DPE) sequenza aggiuntiva [+28,+32] RGWCGTG TFIID
TFIIB-recognition element (BRE) sequenza aggiuntiva -35 SSRCGCC TFIIB
Elemento della seq. prossimale (PSE) sequenza aggiuntiva [-45, -60] ???
CAAT box elemento basale GGCCAATCT NF-1 e NF-Y
GC box elemento basale GGGCGG Sp1
Elemento dell'ottamero elemento basale ATGCAAAT Oct1
Elemento di risposta al cAMP (CRE) modulo di risposta WCGTCA
Modulo 'heat-shock' modulo di risposta CTNGAATNTTCTAGA HSP70 e altri (+)
Modulo di risposta al siero modulo di risposta CCWWWWWWGG
Modulo eritroide cellulo-specifico WGATAR
Modulo della ghiandola pituitaria cellulo-specifico ATATTCAT
Riferimento Simbolo Significato
adenina A A
citosina C C
guanina G G
timina T T
strong S C/G
weak W A/T
purina R A/G
pirimidina Y C/T
amino M A/C
keto K G/T
non A B C/G/T
non C D A/G/T
non G H A/C/T
non T V A/C/G

picrender.fcgi?artid=1955227&blobname=nihms-17486-f0001.jpg

Bibliography
1. Characterization of Transcription from TATA-Less Promoters: Identification of a New Core Promoter Element XCPE2 and Analysis of Factor Requirements (PubMedCentral, 2009)
2. Prevalence of the Initiator over the TATA box in human and yeast genes and identification of DNA motifs enriched in human TATA-less core promoters (PubMedCentral, 2007)
3. The RNA polymerase III-dependent family of genes in hemiascomycetes: comparative RNomics, decoding strategies, transcription and evolutionary implications (OxfordJournals, 2006)

Voci correlate

Collegamenti esterni

Unless otherwise stated, the content of this page is licensed under Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 License